Znanstveni zavodi:

Zavod za ekologiju šuma

Zavod za genetiku, oplemenjivanje šumskog drveća i sjemenarstvo

Zavod za uređivanje šuma i šumarsku ekonomiku

Zavod za uzgajanje šuma

Zavod za zaštitu šuma i lovno gospodarenje

Zavod za međunarodnu znanstvenu suradnju jugoistočne Europe - EFISEE 

Odjel za laboratorijska ispitivanja:

Laboratorij za ispitivanje sjemena

Laboratorij za fizikalno - kemijska ispitivanja

Laboratorij za molekularno - genetička ispitivanja

Laboratorij za entomološka ispitivanja

Laboratorij za fitopatološka ispitivanja

Istraživački centri:

Centar za nizinske šume

Centar za općekorisne funkcije šuma "Josip Ressel"

Centar za urbane i privatne šume