Hrvatskim šumarskim institutom upravlja Upravno vijeće. Upravno vijeće sastavljeno je od pet članova. Tri člana imenuje i opoziva Osnivač – Ministarstvo znanosti i obrazovanja, jednog člana bira Znanstveno vijeće Hrvatskog šumarskog instituta iz svojih redova, dok jednog člana biraju zaposlenici Instituta. Mandat članova upravnog vijeća traje dvije godine.
Ministarstvo znanosti i obrazovanja imenovalo je predsjednika Upravnog vijeća prof.dr.sc. Milana Oršanića, te vanjske članove prof. dr.sc. Milana Poljaka i Amaliju Babić, dipl. ing. Znanstveno vijeće Hrvatskog šumarskog instituta imenovalo je dr.sc. Krunoslava Indira, a član izabran iz redova zaposlenika je dr.sc. Ivan Seletković.
Ravnatelj/ica je voditelj i čelnik Instituta, odgovoran za zakonitost rada Instituta. Imenuje se temeljem javnog natječaja koje raspisuje Upravno vijeće na mandat od 4 godine.
Ravnateljica Hrvatskog šumarskog instituta je doc.dr.sc. Sanja Perić imenovana u prvom mandatu od 18.2.2019. godine.
Stručno vijeće Instituta je Znanstveno vijeće. Znanstveno vijeće čine: ravnatelj/ica, zaposlenici Instituta izabrani u znanstveno zvanje i jedan predstavnik/ca zaposlenika na suradničkim radnim mjestima. Predsjednik Znanstvenog vijeća je dr.sc. Nenad Potočić.
Organizacija i struktura Instituta određena je Statutom, Pravilnikom o unutarnjem ustrojstvu i Pravilnikom o unutarnjem redu. Poslovanje Hrvatskog šumarskog instituta organizirano je u šest znanstvenih zavoda, dva odjela (Odjel zajedničkih poslova i Odjel rasadničke proizvodnje) i tri istraživačka centra. Šest laboratorija organizirano je u jedan međuzavodni odjel – Odjel za laboratorijska istraživanja (OLI).
