Zaštićeni šumski ekosustavi, (nacionalni parkovi, parkovi prirode, strogi rezervati…) su od iznimnog značaja za razvoj osnovnih i primijenjenih prirodnih znanosti, a njihove referencije su od suštinskog značaja za procjenu efikasnosti gospodarenja šumama. U tim šumskim ekosustavima prije svega treba razvijati metodologije za monitoring razvoja šuma na stalnim pokusnim plohama u svrhu proučavanja odnosa između strukture sastojine i npr. ekoloških čimbenika, procesa regeneracije, intenziteta štetnosti i opasnosti od širenje raznih biotičkih čimbenika te odgovarajućih analiza. Proučavanje takvih šuma pruža mogućnosti boljeg upoznavanja uzroka i posljedica raznih pojava i usporedbi u gospodarskoj šumi. Svakako ne treba zanemariti izrazito važnu komponentu ovakvih spoznaja u smislu odgojno-obrazovnih, edukacijskih i popularizacijskih vrijednosti, osobito na primjeru izradbe informativnih panoa za posjetitelje na poučnim stazama.

Glavno obilježje šumama koje pridolaze na području N.P. „Krka“ daju dva šumska ekosustava. Prvi,eumediteranskidio, čine mješovite šume hrasta crnike i crnoga jasena, a drugi, submediteranski, šuma medunca i bijeloga graba. Dosadašnja istraživanja su se obavljala na dva najkarakterističnija područja u smislu šumskih ekosustava: (i) u staroj sačuvanoj sjemenjači hrasta medunca na predjelu STINICA, i (ii) na predjelu MAČKOVICA, lociranjem i praćenjem zdravstvenog stanja starih stabala hrasta crnike. Istraživanja su obuhvaćalastrukturu sastojina, brojnost mladog naraštaja (ponika i pomlatka), grmlja te svega drvenastog raslinja po vrstama i načinu postanka (sjeme-panj) te zdravstvenog stanja stabala. Potrebitost daljnjega praćenja zdravstvenog stanja ovih sastojina, rasta/razvoja, brojnosti i preživljenja mladih biljaka hrasta medunca i crnike, će ukazati na smjer razvoja šumskih ekosustava ovoga područja.

Treće karakteristično područje su predjeli oko Skradinskoga buka, Roškoga slapa i Manojlovačkih slapova. Područje karakterizira močvarna vegetacija, odnosno poplavne šume crne johe i poljskoga jasena koje se pojavljuju u fragmentima uz obalu rijeke Krka, najčešće kao nastavak na vegetaciju tršćaka.

Glavni ciljevi istraživanja će biti usmjereni na opis stanja strukture reprezentativnih šumskih ekosustava, trendove rasta i razvoja, utvrđivanje i opis šumskih zajednica (popis karakterističnih vrsta), opasnosti od širenja i pojave raznih zaraza kao i mjera zaštite u cilju očuvanja biološke raznolikosti Parka. Osim toga istraživat će se primjena metode vizualne procjene zdravstvenog stanja i metode utvrđivanje statičke sigurnosti mjerenjem otpora u deblu primjenom instrumenta rezistograf.